Tahunnya adalah 2006, dan aula Sekolah Menengah Jujutsu Prefektur Tokyo bergema dengan pertengkaran tak berkesudahan dan perdebatan sengit antara dua sahabat yang tak terpisahkan. Memancarkan kepercayaan diri yang tak tergoyahkan, Satoru Gojou dan Suguru Getou percaya bahwa tidak ada tantangan yang terlalu besar bagi para penyihir Kelas Khusus yang muda dan kuat seperti mereka. Mereka ditugaskan untuk mengantarkan seorang gadis berakal budi bernama Riko Amanai ke entitas yang keberadaannya merupakan esensi dari dunia jujutsu. Namun, misi ini menjerumuskan mereka ke dalam pusaran konflik moral yang melelahkan yang mengancam untuk menghancurkan persahabatan yang sudah lemah antara penyihir dan manusia biasa.
Dua belas tahun kemudian, para siswa dan penyihir menjadi garda terdepan dalam menghadapi meningkatnya jumlah kutukan tingkat tinggi yang lahir dari emosi negatif manusia. Seiring dengan bertambahnya kekuatan entitas-entitas tersebut, kesadaran diri dan ambisi mereka juga meningkat. Kutukan-kutukan tersebut bersatu demi tujuan bersama yaitu membasmi manusia dan menciptakan dunia yang hanya berisi para pengguna energi terkutuk, yang dipimpin oleh roh terkutuk kuno yang berbahaya. Untuk menyingkirkan rintangan terbesar mereka-penyihir terkuat, Gojou-mereka merencanakan serangan di Stasiun Shibuya pada hari Halloween. Dibagi menjadi beberapa tim, para penyihir memasuki pertarungan dengan siap mempertaruhkan segalanya untuk melindungi orang yang tidak bersalah dan kaum mereka sendiri.
