Yang membuat Meiko Mochizuki merasa ngeri, rekan Digimon-nya, Meicoomon, dipaksa berevolusi menjadi Meicrackmon dan jatuh ke dalam pengaruh jahat dalam prosesnya. Ketika Meicrackmon menghilang dan menimbulkan malapetaka di tempat lain, tampaknya Dunia Digital sendiri mulai menolak kehadiran Meiko dan Anak Terpilih lainnya. Sambil menghindari berbagai musuh yang mengejar mereka, kelompok ini berusaha mencari jalan pulang.
Di dunia manusia, seorang utusan dari entitas misterius Homeostasis mengunjungi ayah Meiko dan Daigo Nishijima dari Badan Administrasi Incorporated untuk mendiskusikan asal-usul Meicoomon. Pembawa pesan tersebut memberi tahu keduanya bahwa Homeostasis berencana untuk melenyapkan monster digital tersebut. Dengan melakukan hal itu, mereka berharap dapat mencegah kemunculan Digimon lebih lanjut di dunia manusia-terlepas dari perasaan Anak-anak Terpilih tentang masalah ini.
