Dunia Duel Monster sekali lagi berkembang dengan pengembangan jaringan yang disebut Link Vrains dan mekanisme pemanggilan baru yang diperkenalkan sebagai Link Summoning. Dengan menggunakan dunia maya ini, para duelist sekarang dapat membuat avatar mereka sendiri dan berduel untuk meraih kejayaan dalam realitas virtual.
Namun, seperti halnya dunia nyata, dunia digital juga tidak luput dari perang, konflik, dan misteri. Beberapa tahun yang lalu, sebuah organisasi peretas yang dikenal sebagai Knights of Hanoi melancarkan serangan terhadap Link Vrains. Dipimpin oleh Revolver anonim, tujuan mereka adalah memusnahkan program kecerdasan buatan yang dikenal sebagai Cyberse. Setelah upaya yang gagal, salah satu target mereka, Ignis, berhasil melarikan diri dan menyembunyikan Cyberse di suatu tempat di dalam jaringan.
Lima tahun kemudian, siswa SMA Yuusaku Fujiki bertemu dengan program kecerdasan buatan yang aneh saat berduel di Link Vrains. Di bawah kedok avatarnya yang bernama Playmaker, Yuusaku dan rekannya dalam kejahatan, Shouichi Kusanagi, memutuskan untuk bergabung dengan eksistensi aneh tersebut. Saat dia mencari kebenaran di balik kejadian misterius di masa lalu, Yuusaku bertempur melawan Ksatria Hanoi dan SOL Technologies dalam perlombaan yang mungkin akan mengubah nasib dunia.
