Dunia Digital berada dalam keadaan perang, dengan Tentara Bagra yang jahat berusaha mengumpulkan pecahan-pecahan Mahkota Kode. Siapa pun yang berhasil mengumpulkan semua 108 pecahan akan menjadi raja Dunia Digital. Sekelompok Digimon jahat, yang dikenal sebagai Pasukan Bagra, bertekad untuk mendapatkan Mahkota Kode.
Digimon Xros Wars menampilkan Taiki Kudou, seorang siswa sekolah menengah yang menyukai sepak bola yang akan selalu berusaha keras untuk membantu orang-orang yang membutuhkan. Ketika sedang bermain dengan teman-temannya, Akari Hinomoto dan Zenjirou Tsurugi pada suatu hari, dia mendengar suara yang meminta pertolongan. Menyelidiki situasinya, dia bertemu dengan Digimon bernama Shoutmon yang terluka parah di gang terdekat. Dengan menggunakan kekuatan perangkat aneh yang disebut Xros Loader, Taiki berhasil menyelamatkan nyawa Shoutmon, tetapi ditarik ke Dunia Digital bersama Akari dan Zenjirou.
Bertekad untuk tidak membiarkan Bagra yang jahat mendapatkan apa yang mereka inginkan, Taiki dan teman-temannya bergabung dengan Shoutmon dan Digimon lokal lainnya untuk membentuk pasukan mereka sendiri yang dikenal sebagai Xros Heart. Sekarang Xros Heart harus berjuang melintasi Dunia Digital untuk mengumpulkan pecahan Mahkota Kode dan mengalahkan Pasukan Bagra, tetapi Taiki dan teman-temannya bukanlah satu-satunya manusia yang terjebak dalam perang monster ini…
