Suatu hari, Kei Kusanagi melihat seorang wanita bercahaya aneh di tepi danau. Ia menemukan bahwa wanita tersebut sebenarnya adalah seorang perwira alien dari Federasi Galaksi bernama Mizuho Kazami, dan yang lebih mengejutkan lagi—ia juga gurunya! Meskipun demikian, ia dan gurunya perlahan-lahan saling mengenal dan cinta mulai bersemi di antara mereka. Namun, tak lama kemudian, kepala sekolah mengetahui hubungan mereka. Solusinya? Menikah!
Bersama-sama, pasangan pengantin baru ini harus menjaga rahasia pernikahan mereka, tidak hanya dari teman-teman SMA Kei, tetapi juga dari Federasi Galaksi. Onegai☆Teacher adalah kisah cinta yang rapuh namun lucu antara seorang alien dan muridnya.
