Manusia abadi misterius yang dikenal sebagai “Ajin” pertama kali muncul 17 tahun yang lalu di Afrika. Setelah ditemukan, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak dapat dihancurkan. Sejak saat itu, setiap kali seorang Ajin ditemukan di tengah-tengah masyarakat, mereka harus segera ditangkap dan ditahan.
Belajar dengan giat untuk menjadi seorang dokter, Kei Nagai adalah seorang siswa sekolah menengah yang hanya mengetahui sedikit tentang Ajin, hanya sesekali melihat mereka muncul di berita. Para siswa diajari bahwa makhluk-makhluk ini tidak dianggap sebagai manusia, tetapi Kei tidak terlalu memperhatikannya di kelas. Akibatnya, pemahamannya yang sangat sedikit tentang hal ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika dia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, yang menandakan kelahirannya kembali sebagai Ajin dan dimulainya hari-harinya yang penuh dengan siksaan. Namun, ketika dia menemukan dirinya sendirian dalam pelarian dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya yang mungkin lebih dekat daripada yang dia pikirkan.
