Dengan menyamar sebagai anak laki-laki, Chizuru Yukimura muda meninggalkan rumahnya yang tenang dan pergi ke Kyoto untuk mencari ayahnya yang hilang-seorang dokter bernama Koudou. Dia segera mengetahui bahwa ibu kota yang bergejolak adalah tempat yang berbahaya karena dia disergap oleh sepasang ronin saat berada di jalanan. Yang membuatnya ngeri, para ronin dibunuh tepat di depan matanya oleh samurai berambut putih dan bermata merah, hanya untuk kemudian dibunuh dengan cepat oleh tiga orang dari Shinsengumi-pasukan polisi khusus yang melayani shogun.
Setelah kejadian tersebut, Chizuru mendapati dirinya ditahan oleh Shinsengumi untuk diinterogasi lebih lanjut. Setelah mengetahui bahwa ayahnya yang hilang adalah orang yang sama dengan yang mereka cari, kepala suku mengizinkannya untuk tetap berada di bawah pengawasan mereka sementara mereka mencari keberadaannya. Saat bekerja sebagai asisten untuk orang kedua di komando Toshizou Hijikata, Chizuru perlahan-lahan menemukan betapa terhubungnya lingkungan politik Kyoto yang meresahkan dan samurai berambut putih yang tampak seperti setan dengannya.
![100.000 Years of Refining Qi [Lian Qi Shi Wan Nian] Sub Indo](https://i2.wp.com/v1.indoanime.org/wp-content/uploads/2025/08/133308.jpg?resize=65,85 "100.000 Years of Refining Qi [Lian Qi Shi Wan Nian] Sub Indo")
