Setelah setahun absen, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, rekan-rekannya di Yorozuya, telah berubah menjadi karakter yang sama sekali berbeda! Dalam kebingungan, Shinpachi melarikan diri dari markas Yorozuya dan menemukan bahwa semua penduduk Edo telah mengalami perubahan yang tak terbayangkan, baik dalam penampilan maupun kepribadian. Yang paling tak terbayangkan, saudarinya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit tanpa malu Isao Kondou, dan kini hamil anak pertama mereka.
Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou, dan menemukan perubahan yang lebih mengejutkan lagi, baik di dalam maupun di luar jajaran organisasi tersebut. Namun, setelah mengetahui bahwa Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutunya yang tak terduga di Shinsengumi bertekad untuk mengembalikan kota Edo ke keadaan yang mereka ingat.
Dengan lebih banyak lelucon kotor, parodi yang sarkastis, dan referensi yang tak malu-malu, Gintama mengikuti tim Yorozuya melalui petualangan-petualangan konyol mereka di dunia Edo yang penuh warna dan dihuni oleh makhluk asing.



