Memasuki serialisasi ketiga mereka, duo manga Moritaka Mashiro dan Akito Takagi – yang juga dikenal dengan nama pena mereka, Muto Ashirog – semakin dekat dengan impian mereka untuk membuat sebuah adaptasi anime. Namun, tantangan sebenarnya baru saja dimulai: jika mereka tidak dapat bersaing dengan seniman Eiji Niizuma di peringkat dalam kurun waktu enam bulan, mereka akan dibatalkan. Selain itu, banyak saingan yang menguntit di belakang dan menyatakan perang. Mereka bahkan tidak punya cukup waktu untuk memikirkan sebuah anime!
Dalam Bakuman. Musim ke-3, Muto Ashirogi harus menemukan cara untuk tetap berada di puncak gunung kolosal yang dikenal sebagai peringkat Shounen Jack. Dengan masalah baru dan asisten baru, pasangan ini terus berjuang untuk meraih mimpi mereka.
