Saat Anak-anak Terpilih dan partner mereka Digimon hidup bahagia bersama di dunia manusia, Taichi Yagami dan Yamato Ishida, bersama teman-teman mereka, mendedikasikan diri mereka untuk menjaga perdamaian yang diperoleh dengan susah payah ini. Meskipun disatukan oleh tanggung jawab bawaan ini, masing-masing telah mulai mengambil langkah pertama mereka menuju masa depan di luar menjadi Anak Terpilih.
Namun, perjalanan baru ini terganggu oleh kemunculan Menoa Bellucci, seorang profesor Amerika yang mengkhususkan diri dalam penelitian Digimon. Dia membawa berita tentang beberapa Anak Terpilih dari seluruh dunia yang ditemukan koma, dengan partner mereka Digimon tidak dapat ditemukan. Investigasi Menoa menunjukkan bahwa jenis Digimon baru berada di balik fenomena yang mengkhawatirkan: Eosmon, yang bersembunyi di kedalaman internet.
Untuk berhasil dalam misi ini, tim harus berusaha keras melewati jarak yang semakin jauh di antara mereka dan bersatu untuk terakhir kalinya.
