Hakuo Gakuin dulunya adalah SMA bergengsi dan terkenal dengan seni bela dirinya. Namun, karena sekolah saingannya, Seishikan, dengan pengecut memikat siswa-siswa unggulannya, Hakuo mulai menurun.
Untuk memulihkan diri dari situasi tersebut, Kepala Sekolah Hakuo, Hojo Himeko, mengirim Yagyu Ranko ke Desa Fuma untuk mencari bantuan dari klan ninja Fuma yang terkenal. Pemimpin Fuma mengirim Kojiro ke Hakuo, di mana ia menghadapi klan Yasha yang terkenal kejam yang berjuang untuk Seishikan yang dipimpin oleh Asuka Musashi.
Tak lama kemudian, rekan-rekan Kojiro tiba dan perang ninja habis-habisan yang tertunda selama 500 tahun pun dimulai antara kedua klan tersebut.
