Dua tahun telah berlalu setelah invasi Tendoshuu ke Terminal Pusat O-Edo. Sejak saat itu, para Yorozuya berpisah. Meramalkan kembalinya Utsuro, Gintoki Sakata mulai mensurvei garis ley di Bumi untuk mencari jejak Altana orang lain. Setelah bertemu dengan sisa-sisa Tendoshuu-yang terus berusaha mencari keabadian-Gintoki kembali ke Edo.
Kemudian, Shinsengumi dan Yorozuya yang telah berkumpul kembali memulai serangan ke Terminal Pusat yang diduduki. Dengan Altana yang diambil dari reruntuhan kapal Tendoshuu yang terancam meledak, Yorozuya dan sekutunya bertempur melawan musuh-musuh mereka, sementara keselamatan Edo-dan seluruh dunia-tergantung pada keseimbangan. Memenuhi keinginan guru mereka, para mantan murid Shouyou Yoshida bersatu dan mengenang masa lalu mereka untuk terakhir kalinya dalam upaya menyelamatkan masa depan mereka.
