Setelah menyelesaikan pekerjaan mereka di Yorknew City, Leorio Paladiknight dan Kurapika menyelidiki rumor penampakan seorang anak laki-laki dengan mata merah tua, karena mereka meyakini bahwa orang tersebut adalah anggota Klan Kurta yang sudah tidak ada lagi. Kurapika berharap dapat menemukan anggota klan lain yang masih hidup selain dirinya, namun ia malah kehilangan kedua matanya setelah diserang oleh seseorang yang tampaknya adalah teman masa kecilnya.
Leorio merawat luka-luka Kurapika, dan kemudian memanggil Gon Freecss dan Killua Zoldyck untuk membantu mengambil bola mata Kurapika. Namun, pencarian mereka mempertemukan mereka dengan kelompok pencuri terkenal yang dikenal sebagai Phantom Troupe-orang-orang yang sama yang membantai seluruh Klan Kurta lima tahun yang lalu karena mata merah mereka, yang berubah warna pada saat mereka marah.
Hunter x Hunter Movie 1: Phantom Rouge mengikuti pencarian kedua anak laki-laki ini untuk menemukan mata teman mereka dan menangkap pencurinya, yang membuat mereka menyelidiki masa lalu Phantom Troupe. Dan dalam melakukan hal itu, mereka bertemu dengan seorang gadis misterius yang tampaknya terkait dengan semuanya…
