Sudah setahun sejak hilangnya Shiro, sang Raja Perak; Kurou Yatogami dan Neko telah berusaha keras melakukan pencarian, namun tidak membuahkan hasil. Penyelidikan mereka berujung pada pertemuan dengan anggota Klan Merah HOMRA yang kini telah dibubarkan-Rikio Kamamoto dan Anna Kushina-yang dikejar-kejar oleh Klan Hijau, yang menginginkan kekuatan Anna untuk kepentingan mereka.
Kini, para anggota Scepter 4 dipanggil bersama Kurou dan Neko untuk menyelamatkan Anna, sang maskot, dan satu-satunya anggota perempuan Klan Merah yang telah hancur, dari cengkeraman musuh dan mudah-mudahan dapat menemukan Shiro yang menggunakan kekuatan gadis muda itu. Di tengah krisis, kelompok ini dipaksa untuk berebut kekuasaan ketika Klan Hijau mengancam untuk mengambil alih wilayah kekuasaan Raja Emas.
Langkah kedua dalam seri K Project, K: Missing Kings, melanjutkan kisah seorang anak laki-laki yang terjebak dalam perang psikis antara tujuh raja, dan menampilkan perjuangan setiap karakter setelah kehilangan Raja masing-masing.
