Pada bulan Februari 1999, serangkaian pembunuhan membuat Shiki Ryougi dan Mikiya Kokutou gelisah. Kejahatan ini memiliki kemiripan yang mengganggu dengan serangkaian pembunuhan serupa dari tahun 1995, ketika Shiki dan Mikiya pertama kali bertemu, dan membangkitkan hasrat membunuh yang telah tertidur di dalam jiwa Shiki sejak saat itu.
Dengan Shiki yang dicurigai karena keterlibatannya dalam pembunuhan di masa lalu dan kemiripannya dengan si pembunuh, ia dan Mikiya pun berangkat untuk menemukan pelaku sebenarnya. Di tengah-tengah penyelidikan mereka yang terpisah, Mikiya semakin peduli dengan kesejahteraan Shiki dan bergegas untuk menemukan orang yang bertanggung jawab untuk melindungi Shiki dari dorongannya sendiri. Dengan petunjuk yang ia terima dari sepupunya, penyelidik polisi Daisuke Akimi, Mikiya dituntun ke bawah tanah Kota Mifune, karena keselamatan jiwa Shiki terletak pada tekadnya untuk membuktikan bahwa Shiki tidak bersalah untuk selamanya.
