Untuk ukuran seorang anak, Aoyama memiliki pengetahuan yang sebanding dengan orang dewasa. Oleh karena itu, ia sering diejek oleh teman-teman sekelasnya. Dia juga naksir seorang wanita ramah yang baru saja ditemuinya di kantor dokter gigi. Suatu pagi, penguin-penguin mulai muncul secara misterius di sekitar lingkungannya. Tidak ada yang tahu dari mana mereka berasal dan bagaimana mereka bisa sampai di sana. Aoyama bertekad untuk mencari tahu lebih banyak, dan dia bergabung dengan gebetan barunya untuk meneliti penguin.
Seiring berjalannya waktu, mereka menemukan sebuah bola melayang yang mereka beri nama “Laut”. Apa pun yang masuk ke dalam The Sea tidak akan keluar lagi, dan satu-satunya yang bisa menghancurkannya adalah penguin. Namun, sesuatu yang mengerikan tercipta ketika penguin-penguin itu melakukannya…
Penguin Highway mengikuti penelitian Aoyama dan wanita itu tentang asal-usul penguin misterius, serta berbagai kesulitan yang dihadapi Aoyama selama penyelidikannya.
