Suatu hari di kota Shibuya yang ramai, seorang anak laki-laki bernama Neku Sakuraba mendapati dirinya memegang dua peniti hitam yang memungkinkannya untuk membaca pikiran orang-orang di sekitarnya. Namun, peniti ini juga memberinya kemampuan untuk melihat “Noise”, makhluk-makhluk jahat yang mampu “menghapus” manusia dari keberadaannya. Setelah mengetahui bahwa ia terjebak di dalam kota, Neku menerima pesan mengenai misi yang akan menghapusnya jika ia gagal.
Ketika mencoba menangkis serangan Noise, Neku bertemu dengan seorang gadis bernama Shiki Misaki yang memintanya untuk membentuk pakta kemitraan dengannya untuk bertarung melawan monster. Shiki menjelaskan bahwa dia dan Neku telah menjadi “Pemain” yang berpartisipasi dalam “Reaper’s Game”-sebuah acara yang berlangsung selama tujuh hari, masing-masing memiliki misi yang berbeda.
Saat Neku dan Shiki berusaha untuk bertahan hidup setiap hari yang berlalu, mereka mulai bertemu dengan Player dan Reaper lainnya, bertarung melawan Noise yang lebih kuat, dan mempelajari kebenaran di balik misteri yang menyelimuti permainan ini.
